일본에서 회사에 다니는 직장인이라면 연말이 되면 반드시 연말정산 절차를 거치게 됩니다. 연말정산이란, 1년 동안 급여에서 미리 원천징수된 소득세가 실제로 납부해야 할 세금보다 많았는지 혹은 적었는지를 최종적으로 계산해 정산하는 과정입니다.
연말정산을 제대로 하지 않으면 돌려받을 수 있는 세금을 환급받지 못하거나, 다음 해 주민세 부담이 늘어날 수 있으며, 경우에 따라서는 본인이 직접 확정신고를 해야 하는 상황이 발생할 수도 있습니다.
이 글에서는 일본에서 생활하며 근무하고 있는 분들을 위해 연말정산의 기본 개념부터 확정신고와의 차이, 연말정산 대상자와 비대상자, 연말정산 신고서를 제출하지 않았을 때 발생할 수 있는 불이익까지 정리해보았습니다.
1. 연말정산이란?

연말정산이란 1년 동안 급여에서 원천징수된 소득세의 합계액과, 실제로 납부해야 할 소득세액을 비교해 그 차이를 정산하는 과정을 말합니다.
회사원이 받는 급여와 상여에는 소득세가 미리 원천징수되어 있지만, 이때 원천징수된 소득세는 연간 소득과 각종 공제 항목이 모두 확정되기 전에 계산된 대략적인 금액으로, 결코 정확한 최종 세액이라고 할 수 없습니다.
이 때문에 연말에 연말정산을 통해 확정된 연간 소득과 공제 항목을 반영하여 정확한 소득세액을 다시 계산하고 조정하게 됩니다.
1-1. 연말정산의 역할
연말정산에서는 연말에 연간 소득이 확정된 이후, 근로자에게 적용 가능한 소득공제 및 세액공제 항목을 반영해 정확한 소득세액을 산출하게 되는데, 정확한 소득세액과 원천징수된 소득세액을 비교하여 그 차액을 정산하게 됩니다.
그 결과 세금 환급 또는 징수를 하게 됩니다.
- 원천징수된 소득세액이 많으면 세금 환급
- 원천징수된 소득세액이 적으면 세금 징수
1-2. 연말정산은 누가 하나요?
연말정산 절차는 회사가 근로자를 대신해 진행하기에, 직장을 다니지 않는 사람은 연말정산 자체가 없으며, 대신 확정신고를 통해 직접 소득세를 정산해야 합니다.
회사는 근로자의 연간 급여 내역과, 근로자가 제출한 각종 서류를 바탕으로 정확한 소득세를 계산한 뒤 환급 또는 추가 징수 절차를 처리합니다. 즉 연말정산은 회사가 진행하지만, 근로자의 협조 없이는 정확한 정산이 불가능합니다.
만약 연말정산에 필요한 서류를 제출하지 않거나, 신고 내용에 누락이나 오류가 있는 경우에는 환급을 받지 못할 수 있는데, 그때는 본인이 직접 확정신고를 해야 하는 상황이 발생할 수도 있습니다.
2. 연말정산 대상자와 비대상자

연말정산은 모든 사람이 반드시 해야 하는 절차는 아니고, 일본에서 회사에 다니는 직장인의 경우에는 원칙적으로 연말정산 대상이 되며, 보통 회사 안내에 따라 12월 전후에 실시됩니다.
다만 근무 형태나 소득 구조에 따라 연말정산 대상에서 제외되거나, 본인이 직접 확정신고를 해야 하는 경우도 있으므로 본인의 상황을 정확히 확인하는 것이 중요합니다.
2-1. 연말정산이 필요한 사람
회사에 근무 중인 사람은 기본적으로 연말정산 대상이며, 크게 다음 두 가지 유형으로 나눌 수 있습니다.
- 회사에 계속 근무하고 있는 사람
- 연도 중에 취업하여 연말까지 근무한 사람
정규직에 한정되지 않고, 아르바이트나 파트타임 근로자도 연말정산 대상에 포함됩니다.
연도 중에 이직한 경우에는, 이전 회사에서 발급받은 원천징수영수증을 새 직장에 제출하면 이직한 회사에서 연말정산을 받을 수 있지만, 이직 시점에 따라 연말정산이 불가능한 경우도 존재합니다.
예를 들어 12월에 이직한 경우, 회사의 정산 일정에 따라 연말정산을 받을 수 없고, 본인이 직접 확정신고를 해야 할 수도 있어, 12월 전후에 이직하는 경우에는 이전 회사와 새 회사 양쪽에 연말정산 가능 여부를 미리 확인하는 것이 중요합니다.
2-2. 연말정산 대상이 아닌 사람
아래에 해당하는 경우에는 연말정산 대상이 아니며, 상황에 따라 본인이 직접 확정신고를 해야 합니다.
- 해당 연도의 급여 수입 총액이 2,000만 엔을 초과하는 사람
- 소득세 및 부흥특별소득세의 원천징수 유예 또는 환급을 받은 사람
- 두 곳 이상에서 급여를 받는 사람
- 연도 중에 퇴직하고 재취업하지 않은 사람
- 비거주자
- 일용직 근로자 등
연말정산 대상이 아닌 경우에는, 본인이 직접 확정신고를 통해 소득세의 과부족을 직접 정산해야 합니다.
2-3. 부업을 하고 있는 경우는?
본업 외에 부업으로 발생한 연간 소득이 20만 엔을 초과하는 경우, 연말정산과는 별도로 확정신고가 필요합니다.
신고 의무가 있음에도 이를 이행하지 않으면, 본래 납부해야 할 세금 외에 가산세나 연체세가 부과될 수 있으므로 주의해야 합니다.
3. 연말정산과 확정신고의 차이

연말정산과 확정신고는 모두 소득세와 관련된 제도이지만, 진행 방식, 대상자, 신고 주체, 적용 가능한 공제 항목 등에 분명한 차이가 있습니다.
3-1. 연말정산과 확정신고 비교 정리
| 구분 | 연말정산 | 확정신고 |
|---|---|---|
| 신고 주체 | 회사가 근로자를 대신해 진행 | 납세자 본인이 직접 진행 |
| 대상자 | 회사로부터 급여를 받는 급여소득자 | 연봉 2,000만 엔 초과자, 부업 소득 20만 엔 초과자, 개인사업자 등 |
| 신고 시기 | 보통 연말 ~ 다음 해 1월 말 | 다음 해 2월 16일 ~ 3월 15일 |
| 주요 목적 | 원천징수된 소득세의 과부족 정산 | 정확한 소득·세액 신고 및 납부 |
연말정산은 회사에서 급여를 지급받는 근로자를 대상으로, 1년 동안 원천징수된 소득세의 과부족을 회사가 근로자 대신 정산하는 절차입니다.
반면 확정신고는 납세자 본인이 직접 소득과 세액을 신고·정산하는 절차로, 주로 연봉이 2,000만 엔을 초과하는 회사원, 개인사업자, 또는 부업 등으로 일정 금액 이상의 소득이 있는 사람이 대상이 됩니다.
3-2. 연말정산에서 공제할 수 없는 항목
연말정산은 회사가 근로자를 대신해 진행하기 때문에 절차가 비교적 간편하지만, 일부 공제 항목은 연말정산으로 공제할 수 없고, 확정신고를 통해서만 적용됩니다.
대표적인 항목은 다음과 같습니다.
- 의료비공제
- 기부금공제
- 잡손실공제
- 주택담보대출 공제 – 1년 차 최초 신청
의료비공제는 연간 의료비 지출이 10만 엔 이상 (또는 총소득금액 등의 5% 초과)인 경우 적용할 수 있는데, 연말정산에서는 공제가 불가능하고 확정신고에서 공제가 가능합니다.
기부금공제 역시 연말정산 대상이 아니고, 원칙적으로는 확정신고가 필요하지만, 후루사토 납세를 한 경우에는 확정신고 없이도 기부금공제를 받을 수 있는 ‘원스톱 특례 제도’를 이용할 수 있습니다.
원스톱 특례 제도의 조건은 기부한 지자체가 5곳 이하 그리고 각 지자체에 원스톱 특례 신청서를 제출해야 하는데, 조건에 부합되지 않을 경우 확정신고를 해야 합니다.
주택담보대출 공제는 2년 차 이후부터는 연말정산으로 적용 가능하지만, 주택을 구입한 첫 해에 한해서는 반드시 확정신고가 필요합니다.
4. 연말정산은 언제부터 시작될까?

연말정산은 보통 11월경부터 준비가 시작되며, 전체적인 연말정산 진행 흐름을 정리하면 다음과 같습니다.
11월경
회사: 근로자에게 각종 신고서 제출 요청 및 회수
근로자: 신고서 및 첨부 서류를 회사에 제출
12월경
회사: 소득세 과부족 계산, 환급 또는 추가 징수 처리
근로자: 소득세 환급 또는 추가 납부 발생
다음 해 1월
회사: 세무서에 법정조서 제출
연말정산은 회사가 진행하지만, 근로자 역시 필요한 서류를 제출해야 하므로, 전체적인 일정과 흐름을 미리 이해해 두는 것이 중요합니다.
4-1. 근로자 신고서류 제출
연말정산은 회사가 근로자로부터 필요한 정보를 수집하는 단계에서 시작됩니다.
이 시기에 근로자는 회사로부터 연말정산에 필요한 서류의 제출을 요청받게 되는데, 회사로부터 자세한 안내가 있으니 예시를 참고해 필요한 사항을 기재하고, 각종 공제 증명서류를 첨부해 회사가 지정한 기한까지 제출해야 합니다.
모르는 내용이 있으면 회사에 직접 문의할 수 있어, 혼자서 확정신고를 하는 것보다 훨씬 편리합니다.
4-2. 연말정산 계산 및 세액 조정
회사는 근로자의 1년간 급여 및 상여 총액에서 급여소득공제를 차감해 급여소득 금액을 산출하고, 근로자가 제출한 신고 내용을 바탕으로 각종 소득공제를 적용해 정확한 소득세액을 계산합니다.
이렇게 계산된 실제 소득세액과 원천징수된 소득세 총액을 비교해 세금의 과부족 여부가 결정됩니다.
- 원천징수된 세금이 많을 경우 → 환급
- 원천징수된 세금이 적을 경우 → 징수
환급 또는 추가 징수는 보통 12월분 또는 다음 해 1월분 급여에서 조정됩니다.
4-3. 원천징수표 작성
회사는 확정된 소득세 내역을 법정조서로 정리해 다음 해 1월 31일까지 세무서에 제출해야 하고, 원천징수표를 근로자에게도 발급합니다.
원천징수표에서 해당 연도의 소득 금액, 사회보험료, 적용된 공제 내역을 확인할 수 있으며, 나중에 확정신고, 주택담보대출·자동차 대출 신청 등 각종 행정·금융 절차에서 필요할 수 있으므로 잘 보관해 두는 것이 좋습니다.
5. 연말정산 신고서를 제출하지 않으면 어떻게 될까?

연말정산에 필요한 신고서를 회사에 제출하지 않을 경우, 다음과 같은 불이익이 발생할 수 있습니다.
- 소득세를 과다 납부했더라도 환급을 받지 못함
- 다음 해 주민세가 늘어날 가능성
- 본인이 직접 확정신고를 해야 하는 가능성
각 항목을 하나씩 살펴보겠습니다.
5-1. 소득세 과다 납부분을 환급받을 수 없다
연말정산 신고서류를 제출하지 않으면 회사는 정확한 소득세액을 산출할 수 없게 되며, 이미 원천징수된 세금과 실제 납부해야 할 세금의 차이를 제대로 정산할 수 없습니다.
그 결과, 소득세를 과다 납부했더라도 초과 납부분을 환급받지 못하는 상황이 발생할 수 있습니다.
5-2. 주민세가 높아질 수 있다
주민세는 연말정산에서 소득공제가 적용된 과세소득을 기준으로 산정되기에, 연말정산 신고서류를 제출하지 않으면 원래 적용받을 수 있었던 각종 소득공제가 반영되지 않게 되고, 그에 따른 과세소득이 증가하게 됩니다.
이로 인해 소득세뿐만 아니라 다음 해 주민세 부담까지 늘어날 가능성이 있습니다.
5-3. 본인이 직접 확정신고를 해야 한다
기한 내에 연말정산 신고서류를 제출하지 않아 회사에서 연말정산이 이루어지지 않은 경우, 각종 공제를 적용받거나 과다 납부한 소득세를 환급받기 위해서는 본인이 직접 확정신고를 해야 합니다.
또한 신고서에 기재 누락이나 오류가 있는 경우에도 동일하게 확정신고가 필요할 수 있습니다.
연말정산 관련 법정조서 제출 기한은 1월 31일이므로, 신고 누락이나 기재 오류를 뒤늦게 발견했다면 즉시 회사 담당 부서에 상담하는 것이 좋습니다.
회사 일정상 연말정산이 어려운 경우에는 확정신고를 통해 정산을 진행하면 됩니다.
5-4. 잘못 신고했을 경우의 처벌은?
연말정산은 원칙적으로 회사의 의무이기에, 회사가 이를 제대로 이행하지 않을 경우 회사에 법적 처벌이 내려질 수 있습니다.
한편, 근로자가 연말정산 서류를 제출하지 않았거나 신고 내용에 오류가 있더라도 근로자에게 직접적인 처벌은 없고, 대신 각종 공제를 적용받을 수 없어 소득세 과다 납부분에 대한 환급을 받을 수 없을 뿐입니다.
다만, 결국 연말정산 뒤에 확정신고를 통해 정산도 가능하기에, 너무 걱정을 하지 않아도 됩니다.
6. 마무리
일본에서 9년 넘게 생활하면서, 연말정산은 한 번만 경험했고 그 외에는 모두 확정신고로 세금 정산을 해왔습니다. 연말정산은 회사가 근로자를 대신해 처리해주는 제도이기 때문에, 결국 연말정산을 하지 못하더라도 확정신고를 통해 세금 정산 자체는 모두 가능합니다.
다만 연말정산의 가장 큰 장점은 회사 담당자에게 문의하며 진행할 수 있다는 점이고, 반면 확정신고는 준비부터 신고까지 전부 본인이 직접 처리해야 하다 보니 처음에는 다소 번거롭게 느껴질 수 있습니다. 그렇지만 한두 번 해보면 절차 자체는 생각보다 어렵지 않고, 충분히 혼자서도 대응할 수 있습니다.
연말정산이든 확정신고든 목적은 결국 정확한 세금을 계산하고, 낼 세금은 제대로 내고 돌려받을 세금은 돌려받는 것이기에, 조금만 신경 쓰면 환급받을 수 있는 세금을 그대로 두고 지나치는 일을 충분히 피할 수 있습니다.
매년 연말 회사로부터 연말정산 안내를 받는다면, 내용을 꼼꼼히 확인하고 기한 내에 신고서와 서류를 제출하는 것이 좋습니다.

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